За сюжетом гри Лего черепашки ніндзя 2 підступний Шредер і його підручні з клану Ноги захопили відому журналістку і подругу головних героїв - Ейпріл Про Ніл. Зелені ніндзя поспішають на виручку симпатичній дівчині і запрошують тебе в цю небезпечну експедицію. Кожен з тінейджерів вибрав свій вид транспорту, і тобі залишається тільки відправитися разом з одним з них в таємне притулок підступного ворога. Допоможи Лего-герою уникнути пасток і перешкод на шляху, знищити посіпак Шредера і звільнити Ейпріл.
.