Бакстер Стокман, божевільний учений, який ненавидить все живе і вважає черепашок-ніндзя особистими ворогами, відправив у каналізацію своїх роботів. Маусеры, так називаються створення кровожерливого вченого, без праці знайшли притулок черепашок та їх вчителі. Допоможи Мікеланджело відбити атаку роботизованих монстрів Стокмана.
.