За сюжетом гри Поні зібрати елементи гармонії чарівниця Похмура Іскорка прочитала, у присутності своїх подружок, древнє заклинання, яке розбило дорогоцінні камені тендітної світової гармонії. Тепер маленької чарівниці належить знайти всі шматочки і відновити камінчики. Гра Дружба це чудо елементи гармонії запрошує тебе допомогти їй у пошуках. У своїй подорожі вам належить відвідати п'ять локацій, в кожній з яких тобі буде необхідно продемонструвати спритність і хорошу реакцію. На кожному з рівнів подружки-поні будуть допомагати вам у пошуку. Подолайте всі перешкоди і з'єднайте розрізнені шматочки елементів гармонії як можна швидше, адже без них королівство казкових поні виявилося позбавленим будь-якого захисту. Після того, як проблема буде вирішена, Твайлайт Спаркл вибачиться перед своїми подругами і пообіцяє ніколи більше не випробовувати невідомі заклинання в їх присутності.
.