Під час гри Черепашки ніндзя на двох 2 ти вирушиш в Нью-Йорк, де приєднаєшся до команди мутантів-тінейджерів. На одному зі своїх патрулювань черепашки виявили пляму мутагену. Він був схожий з тим речовиною, завдяки якому мутували самі герої гри. Разом з 1 або 2 черепашками-ніндзя постарайся пробратися за небезпечними лабіринтами каналізації, знищ монстрів, які зустрілися на шляху, і відшукай секретну лабораторію, в якій невідомі злодії зуміли організувати виробництво жахливого речовини, здатного перетворити усіх мешканців міста в жахливих чудовиськ.
.